IRRAE : Inventaire des Raies et des Requins autour de La Réunion à partir d’analyses d’ADN environnemental avec une approche Ecosystémique.
Le programme IRRAE a été lancé en août 2021. Il est financé par la DEAL Réunion avec pour partenaires BIORECIF, l’Université de Mayotte et GLOBICE. La première phase de ce projet, également nommée étude pilote, a pour objectif d’évaluer la méthodologie ADNe la plus adaptée, en termes de type d’échantillons et d’amorces ,pour détecter les élasmobranches sur trois stations autour de la Réunion.
Les espèces d’intérêt sont les suivantes :
– Carcharhinus leucas (requin bouledogue),
– Galeocerdo cuvier (requin tigre),
– Sphyrna lewini (requin marteau halicorne),
– Nebrius ferrugineus (requin nourrice fauve),
– Rhynchobatus djiddensis (raie guitare géante),
– Taeniura meyeni (raie pastenague tachetée).
Plusieurs types d’échantillons ont été testés : sédiments collectés sur les fonds marins, filtrations d’eau à la surface et filtrations d’eau dans la colonne d’eau, et plusieurs couples d’amorces publiés dans la littérature ont été évalués : Elas01 (Miya et bal. 2015), Elas02 (Taberlet et al. 2018 ; amorces optimisées à partir de celles du MiFish de Miya et al. 2015) et Shark miniCOI (Field et al. 2015, Baker et al. 2018).
Nous collaborons avec la société Argaly, société de biotechnologies spécialisée dans l’utilisation de la méthode ADNe pour l’analyse d’échantillons terrestres et aquatiques, c’est-à-dire l’extraction d’ADN à partir d’échantillons environnementaux afin d’obtenir des informations taxonomiques ou fonctionnelles sur l’écosystème étudié.
Concernant la deuxième phase de ce projet, l’étude majeure, elle, consistera à faire l’inventaire des espèces, et de comparer les données issues des observations par MAEO et l’identification par ADNe. Les prélèvements se feront selon l’optimisation du protocole établie lors de la première phase de ce projet. Ces prélèvements se feront sur 21 stations au maximum si nous effectuons seulement du métabarcoding.
Néanmoins, si la première phase du projet montre que la détection de certaines espèces d’intérêts sont mieux détectées par barcoding, nous rajouterons de la qPCR sur les amorces optimisées des espèces ciblées. Afin de conserver un nombre maximal de station (la qPCR ayant un coûtsupplémentaire), nous passerons les échantillons en NovaSeq. Malgré ces efforts de changements technologiques (MiSq versus NovaSeq), il est préférable de mentionner que le réajustement du protocole (métabarcoding versus barcoding) peut entrainer un réajustement du nombre de stations pour rentrer dans le budget prévisionnel. Pour finir, un contrôle négatif sera réalisé par journée de terrain. Ces contrôles de collecte négatifs consistent à filtrer une eau stérile qui a été emportée sur le bateau pour tester la contamination sur le terrain.
Les objectifs et les livrables de la seconde phase seront ainsi de :
1) fournir les analyses d’ADNe sous forme de liste des espèces détectées et le nombre de séquences associées ;
2) produire des cartographies de ces inventaires taxonomiques ;
3) saisir les résultats de ces inventaires dans la base de données Borbonica ;
4) comparer les résultats de détection des espèces avec les résultats obtenus dans le cadre du projet MAEO (observations en plongée et vidéos) ;
5) expertiser l’utilisation de la méthode d’ADNe pour le suivi des requins dans l’espace et le temps ;
6) proposer des suites de l’étude