Projet IRRAE (2021-2023)

IRRAE : Inventaire des Raies et des Requins autour de La Réunion à partir d’analyses d’ADN environnemental avec une approche Ecosystémique

Le programme IRRAE a été lancé en août 2021. Il est financé par la DEAL Réunion avec pour partenaires BIORECIF, l’Université de Mayotte et GLOBICE.

Le premier volet, nommé étude pilote, avait pour objectif d’optimiser une méthode non invasive, reproductible et standardisée pour effectuer l’inventaire des requins autour de La Réunion, en complétant par une approche écosystémique par l’étude des autres élasmobranches (raies) et des poissons osseux. Pour cela, nous avons utilisé une méthode génétique, l’ADN environnemental (ADNe), qui consiste à identifier les espèces à partir de leur ADN présent dans l’environnement, sans observation directe des animaux in-situ.

Les espèces d’intérêt sont les suivantes :
– Carcharhinus leucas (requin bouledogue),
– Galeocerdo cuvier (requin tigre),
– Sphyrna lewini (requin marteau halicorne),
– Nebrius ferrugineus (requin nourrice fauve),
– Rhynchobatus djiddensis (raie guitare géante),
– Taeniura meyeni (raie pastenague tachetée).

Plusieurs types d’échantillons ont été testés : sédiments collectés sur les fonds marins, filtrations d’eau à la surface et filtrations d’eau dans la colonne d’eau, et plusieurs couples d’amorces publiés dans la littérature ont été évalués : Elas01 (Miya et bal. 2015), Elas02 (Taberlet et al. 2018 ; amorces optimisées à partir de celles du MiFish de Miya et al. 2015) et Shark miniCOI (Field et al. 2015, Baker et al. 2018).

A partir des traces d’ADN contenues dans les échantillons environnementaux, cette approche innovante a été comparée selon les procédés moléculaires (métabarcoding et barcoding) pour optimiser la détection des espèces. Cette optimisation a permis de produire un protocole reproductible et standardisé pour le suivi et la veille environnementale des requins et des raies autour de La Réunion.

Nous collaborons avec la société Argaly, société de biotechnologies spécialisée dans l’utilisation de la méthode ADNe pour l’analyse d’échantillons terrestres et aquatiques, c’est-à-dire l’extraction d’ADN à partir d’échantillons environnementaux afin d’obtenir des informations taxonomiques ou fonctionnelles sur l’écosystème étudié.

Le second volet de ce projet fourni une première représentation par cette technologie de la présence des requins et des raies autour de l’île, de mars à novembre 2022. De par l’utilisation d’amorces génomiques universelles sur les poissons et les élasmobranches, cette étude apporte des connaissances sur la répartition géographique de ces espèces avec l’identification de 6 espèces de requin et 9 espèces de raies (Requin-tigre – Galeocerdo cuvier, Requin bouledogue – Carcharhinus leucas, Requin dormeur – Centroscymnus owstoni, Requin pointe blanche – Carcharhinus albimarginatus, Requin sagrin – Loxodon macrorhinus, Requin-marteau halicorne – Sphyrna lewini, Raie aigle – Aetobatus sp., Raies pastenagues – Dasyatis sp., Raie pastenagues à taches noires – Taeniurops meyeni, Raie diable – Mobula sp., Petite manta – Mobula thurstoni, Raie fouet – Pateobatis fai, Raie à museau – Rhinoptera sp., Grande raie-guitare – Rhynchobatus djiddensis, Raie torpille – Torpedo sp.). De plus, cette étude apporte des connaissances écosystémiques pour entrevoir le potentiel de cette technologie (ADNe et métabarcoding) sur l’ensemble de l’ichtyofaune.

Le rapport final de l’étude est disponible dans l’onglet « Nos travaux ».